根据国家网信办相关规定和要求,《计算机应用研究》编辑部网站域名更换为arocmag.cn,原域名 arocmag.com 将于2024年12月31日后停用。

串联重复序列比对的位置筛选方法

Position filtering method for tandem repeat sequence alignment
温华铭1,2
徐云1,2
杨金宝3
1. 中国科学技术大学 计算机科学与技术学院, 合肥 230027
2. 安徽省高性能计算重点实验室, 合肥 230027
3. 华中农业大学 信息学院, 武汉 430070

摘要

串联重复序列是基因组构建的困难片段,由于其重复单元之间的相似性与其拷贝数的不确定性,在序列比对时容易定位到多个候选位置,如何快速而准确地筛选出正确的比对位置是一项挑战。现有方法使用种子(从测序片段中选取的短序列)来定位并扩展候选比对位置,但挑选种子时未考虑串联重复序列特性。因此,提出了一种串联重复序列比对的位置筛选方法,其通过计算稀有kmer(长度为k的子序列)序列的相似性来筛选比对结果。此外,采用合并稀有kmer的策略加速计算,并利用基于编辑距离的模糊查找以提高过滤信息密度。实验结果表明,在模拟数据集上提高比对结果的召回率与准确率的同时,该方法比现有方法快约2倍,且具有良好的并行加速性能。

基金项目

国家自然科学基金面上项目(61672480)
国家外专局111引智计划资助项目(BP0719016)

出版信息

DOI: 10.19734/j.issn.1001-3695.2023.12.0614
出版期卷: 《计算机应用研究》 印刷出版, 2024年第41卷 第7期
所属栏目: 软件技术研究
出版页码: 2160-2164
文章编号: 1001-3695(2024)07-033-2160-05

发布历史

[2024-03-07] 优先出版
[2024-07-05] 印刷出版

引用本文

温华铭, 徐云, 杨金宝. 串联重复序列比对的位置筛选方法 [J]. 计算机应用研究, 2024, 41 (7): 2160-2164. (Wen Huaming, Xu Yun, Yang Jinbao. Position filtering method for tandem repeat sequence alignment [J]. Application Research of Computers, 2024, 41 (7): 2160-2164. )

关于期刊

  • 计算机应用研究 月刊
  • Application Research of Computers
  • 刊号 ISSN 1001-3695
    CN  51-1196/TP

《计算机应用研究》创刊于1984年,是由四川省科技厅所属四川省计算机研究院主办的计算技术类学术刊物。

《计算机应用研究》瞄准本学科领域迫切需要的前沿技术,及时反映国内外计算机应用研究的主流技术、热点技术及最新发展趋势。主要刊载内容包括本学科领域高水平的学术论文、本学科最新科研成果和重大应用成果。栏目内容涉及计算机学科新理论、计算机基础理论、算法理论研究、算法设计与分析、区块链技术、系统软件与软件工程技术、模式识别与人工智能、体系结构、先进计算、并行处理、数据库技术、计算机网络与通信技术、信息安全技术、计算机图像图形学及其最新热点应用技术。

《计算机应用研究》拥有众多高层次读者、作者,读者对象主要为从事计算机学科领域高、中级研究人员及工程技术人员,各高等院校计算机专业及相关专业的师生。多年来《计算机应用研究》的总被引频次及Web下载率一直名列本学科同类学术刊物前茅,所刊发的学术论文以其新颖性、学术性、前瞻性、导向性、实用性而备受广大读者的喜爱。


收录和评价

  • 第二届国家期刊奖百种重点期刊
  • 中国期刊方阵双效期刊
  • 全国中文核心期刊(北大2023年版)
  • 中国科技核心期刊
  • 中国科学引文数据库(CSCD)来源期刊
  • RCCSE中国核心学术期刊
  • 中国计算机学会会刊
  • 2020—2022年科技期刊世界影响力指数(WJCI)报告收录期刊
  • 中国科技期刊精品数据库全文来源期刊
  • 中国学术期刊综合评价数据库来源期刊
  • 《中国期刊网》《中国学术期刊(光盘版)》来源期刊
  • 2017—2019年中国国际影响力优秀学术期刊(自然科学与工程技术)
  • 中国精品科技期刊顶尖学术论文(F5000)项目来源期刊
  • 《中国工程技术电子信息网》《电子科技文献数据库》来源期刊
  • 英国《科学文摘》(INSPEC)来源期刊
  • 《日本科学技术振兴机构数据库》(JST)来源期刊
  • 俄罗斯《文摘杂志》(AJ, VINITI)来源期刊
  • 美国《艾博思科学术数据库》(EBSCO)全文来源期刊
  • 美国《剑桥科学文摘(自然科学)》(CSA(NS))核心期刊
  • 波兰《哥白尼索引》(IC)来源期刊
  • 美国《乌利希期刊指南(网络版)》(Ulrichsweb)收录期刊